AMD COVID-19 HPC 基金：グローバルな医療研究を推進

「AMD が提供するコンピューティング リソースは、Carnegie Mellon 大学計算生物学部の Christopher Langmead 氏と Min Xu 氏の研究を助けてくれるでしょう」と、Carnegie Mellon 大学計算生物学部の責任者である Russell Schwartz 氏は述べています。「Langmead 氏は、COVID-19 を引き起こす SARS-CoV-2 ウイルスや他のコロナ ウイルス種も予防できるように設計されたワクチンの開発に向けて、コロナ ウイルス タンパク質の進化的景観をモデル化しています。一方、Xu 氏は独自に開発した AI 技術を駆使して、Cryo-ET を介して生成された SARS-CoV-2 画像の大規模分析の自動化に取り組んでいます。Cryo-ET は、宿主細胞の細胞内構造とウイルス感染プロセスを研究するための 3D 視覚化ツールです」

- Russell Schwartz 氏、Carnegie Mellon 大学計算生物学部長

「CSIR は、ベンガルールの CSIR Fourth Paradigm Institute でホスト、管理される、インドの COVID-19 研究に特化したスーパーコンピューティング システムを寄付するという AMD の決定を歓迎しています。今回の寄付によって、国の最先端 R&D 組織としての私たちの能力が拡大し、研究コミュニティにおいて世界クラスのハイパフォーマンス コンピューティング施設として成長できるでしょう。

- Shekhar Mande 博士、CSIR 事務局長

­ 「一元化された HPC 施設は、COVID-19 関連の課題に取り組んでいる研究者や学者に安全な演算アクセスを提供できます。ワクチン発見のための生物科学、薬物検査のための化学、効果的な期限を定めたソリューションを提供するエンジニアリングなど、さまざまな分野にわたってインドの科学者たちの仕事が加速するでしょう」

- Vidyadhar Mudkavi 博士、CSIR-4PI 所長

「COVID-19 はユーザーと私たち自身の研究活動に大きな影響を与えています」と、HLRS 最高責任者の Bastian Koller 氏は言います。「私たちは国のスーパーコンピューティング センターとして、COVID-19 との闘いの最前線に立っており、ドイツだけでなくヨーロッパ中の研究者にリソースを提供しています。AMD Radeon Instinct テクノロジの寛大な寄付は、HLRS が COVID-19 と闘うためのシミュレーションを加速するのに役立ちます。今回追加投入されるリソースから実質的な恩恵を受けられるプロジェクトは多いです。現在、スペインのエルチェにある Miguel Hernandez 大学の研究者は、AMD EPYC™ CPU 搭載の HPE Apollo システムである Hawk を使用して、主要な SARS-CoV-2 タンパク質の阻害剤候補を特定するために設計された分子動力学シミュレーションを実行しています。オーストリアのウィーンにある Natural Resources and Life Sciences 大学の別の研究チームは、ウイルスのスパイク タンパク質とヒトの ACE2 受容体の間の相互作用をモデリングしています。結局のところ、これらのプロジェクトは両方とも、有効な薬物化合物をできるだけ早く特定しようと取り組んでいるのです。これらの取り組みに加えて、政府所属の科学者と協力して、疫学シミュレーションに AMD から寄付された製品を使用し、病気の蔓延状況をより正確に理解し、ドイツでの第二波を回避しようとしています」

- Bastian Koller 氏、HLRS 最高責任者

「Leibniz Supercomputing Centre (LRZ) では、最先端の IT テクノロジを使用してさまざまな分野で世界クラスの研究者をサポートすることに尽力しています。寛大な AMD の寄付によって、私たちはオーダーメイド医療のための革新的な人工知能ソリューションの分野でパートナーに貢献できるようになります。パートナーたちは COVID-19 に関する当面の研究ニーズに、診断の品質と速度の向上という、はるかに優れた手段で対応できます。私たちは、オーダーメイド医療で使用される HPC と AI をさらに統合するというビジョンの実現に動いています。これが実現すれば、パートナーたちは長期間肺疾患に苦しんでいる患者の治療を大きく進歩させることができます」と、Leibniz Supercomputing Centre of the Bavarian Academy of Sciences and Humanities の所長、Dieter Kranzlmüller 博士は述べています。

- Dieter Kranzlmüller 博士、Leibniz Supercomputing Centre of the Bavarian Academy of Sciences and Humanities 所長

「オレゴン州立大学のゲノム研究およびバイオ コンピューティング センターは長年にわたって AMD のハードウェアを利用しています。COVID-19 HPC 基金を通じて提供されたサーバーは、ナレッジ グラフによる Monarch Initiative の作業および州内の SARS-CoV-2 変異型をモニタリングするオレゴン州の TRACE プログラムをサポートしました」

- Chris Sullivan 氏、オレゴン州立大学ゲノム研究およびバイオ コンピューティング センター、アシスタント ディレクター

「AMD から高性能サーバーを寄付していただいて、大変感謝しています。世界のさまざまな地域で進む COVID-19 の多様な進化形態は、緊急の、地域特異的な、政策関連の多くの疑問を投げかけています。AMD が提供するコンピューティング能力によって、私たちのチームはそのような質問に、より迅速に、より深く、そしてより多くの地域に対して答えることができます」

- Jereremy Goldhaber-Fiebert 博士

「AMD からの非常に寛大な贈り物は、COVID-19 を含む疾患のマッピング、緩和、そして検出に関連する、高いコンピューティング能力を要する条件を満たしてくれます。私たちのチームはまた、テキサス州の健康格差の分析と解決に取り組んでいますが、それに要する関連演算を実行すると私たちの施設の演算能力は飽和状態になってしまいます」と、テキサス州立大学保健管理学部の准教授である Larry Fulton 博士は言います。「AMD は、私たちのビッグ データ問題、つまり既存のコンピューティング能力に対し過度な負荷となるデータに対し、ソリューションのひとつを提供してくれています。AMD が寄付によって支援している分野は、機械学習 (ディープ ビジョンを含む)、地理情報システム、複雑な最適化 (混合整数非線形など)、高度なシミュレーション モデリングなどがあります。AMD が提供してくれたコンピューティング能力は、COVID-19、その他の感染症、そして癌の次の分析ステップを計画するうえですでに役立っています」

- Larry Fulton 博士、 テキサス州立大学保健管理学部准教授

「私たちのチームは、割り当てられたリソースを使用して強化された分子動力学シミュレーションを実行し、COVID-19 だけでなく、他の SARS 関連コロナ ウイルスの活性化プロセスを研究しています。AMD は、コロナ ウイルスとヒト細胞との最初の相互作用の前に発生するコロナ ウイルス スパイク タンパク質の活性化を探索するために必要な演算リソースを提供することで、多大な貢献をしてくれています」と Arkansas 大学化学生化学部の助教授、Mahmoud Moradi 氏は述べています。「新しく追加されたコンピューティング能力のおかげで、数十億のシミュレーション フレームに対して、数十万の原子の運動と相互作用をシミュレーションできるようになりました。疾患についてあまり理解が進んでいないこの段階の研究は、COVID-19 用の薬剤とワクチンを設計する、もうひとつのアプローチに私たちを導いてくれるかもしれません」

- Mahmoud Moradi 氏、Arkansas 大学化学生化学部助教授

「British Columbia 大学（UBC）の研究者は、COVID-19 に対応するためのさまざまなプロジェクトに従事しており、その多くはハイパフォーマンス コンピューティングへのアクセスを必要としています。彼らは、SARS-CoV-2 への変化を予測する疾患モデリングや AI で強化された治療法発見などの活動を通じて、緊急の健康課題に取り組んでいます。一方で、ほかの研究者たちは、HPC リソースにアクセスして、パンデミックの長期的な社会的経済的影響を研究しています」と UBC の Advanced Research Computing 所長、Steve Cundy 氏は言っています。「AMD からの今回の寄付と支援に非常に感謝しています。AMD は、COVID-19 への世界的な対応に重要な貢献をしている研究者たちが、HPC 能力に迅速にアクセスできるようにするための既存の国家や組織のリソースを補完してくれています」

- Steve Cundy 氏、UBC Advanced Research Computing 所長

「UCLA は、AMD からの惜しみない贈り物に感謝しています。おかげで、UCLA の研究が大きく前進するものと思います。当施設には、疫学から治療薬およびワクチンの開発を目指した分子研究に至るまで、COVID-19 の問題にさまざまな角度から取り組んでいる研究グループが多数存在します。これらの研究の多くは、コンピューティング ニーズによって制限されています。この新しい演算能力の追加投入は、UCLA と AMD が共同でプロセッサ テクノロジをコンピューティング研究の新しい分野で活用する機会となるでしょう」と、UCLA-DOE Institute for Genomics and Proteomics 所長の Todd Yeates 教授（生化学）は語っています。

- Todd Yeates 教授（生化学）、UCLA-DOE Institute for Genomics and Proteomics 所長

「AMD が提供する新しい HPC システムは、免疫系が新しいコロナ ウイルスにどのように反応するかを学習し、どの患者が重篤な疾患を発症するかを予測するのに役立つバイオマーカーを見つけるのに重要な役割を果たします。この情報は、新しい患者を効果的に管理および治療するために役立ちます。また、COVID-19 を標的とすることができる新薬または既存の薬の研究にも役立ちます。Cambridge 大学は、この重要な研究に対する AMD の寛大な支援に感謝しています」

- John Marioni 博士、Cancer Research UK Cambridge Institute および EMBL の European Bioinformatics Institute のグループリーダー

「AMD の CPU と GPU で、研究者は COVID-19 の研究範囲を拡大すると同時に、適時性を大幅に向上させることができます。これには、ワクチンの改善に役立つウイルス スパイク タンパク質変異の特定から、機械学習技術を使用した研究まで、すべてが含まれます。新生児から高齢者まで、あらゆる年齢の患者の COVID 疾患の重症度を調べることも可能です」

- Alison R. Preston 氏、UT 研究所臨時副所長

「この新しいパートナーシップは、Toronto 大学が COVID-19 に関する研究を加速し、コミュニティへのパンデミックの影響を緩和するためのイノベーションを開発するのを支援する上で重要です。最先端のコンピューティング リソースの寄付していただいたことで、Toronto 大学とその付属病院は現在のインフラストラクチャを拡張し、治療法、ワクチン、疾患変異の発見を進めるために、個人の健康情報のビッグ データ セットを安全に処理できるプラットフォームである SciNet4Health を立ち上げることができます。今回の寄付で、未来のヘルスケアに一歩近づくことができます」

- Alex Mihailidis 氏、国際パートナーシップ担当アソシエイト副社長

「AMD が提供してくれたコンピューティング リソースは、遺伝子発現間の因果関係を発見することを目的とした進行中の gene@home プロジェクトに投入されます。特に、Laboratory of Biological Data Mining の医学研究者や学生と協力して、SARS-CoV-2 と相互作用する遺伝子に関する特定の調査をスピードアップする予定です。AMD のイニシアチブは私たちにとって非常にタイムリーであり、さらなる分析方法の実現に向けて前進できると期待しています」と Trento 大学の情報工学およびコンピューター サイエンス学部の Enrico Blanzieri 教授はコメントしています。

- Enrico Blanzieri 教授、Trento 大学情報工学およびコンピューター サイエンス学部

「COVID-19 は、教員の研究対象に多大な影響を与えました」と Vermont 大学の研究担当副学長である Kirk Dombrowski 氏は述べています。「UVM での研究の多くはハイパフォーマンス コンピューティングを必要とするので、私たちは AMD からの寛大な贈り物に非常に感謝しています。私たちは、幅広い重要なプロジェクトにおいて高い演算能力を使用します。これらのプロジェクトに含まれるのは、SARS-CoV-2 ウイルスのスパイク タンパク質の構造と挙動の分析、COVID-19 の液滴が空気中を移動して疾患を拡大する様子を再現する大規模な流体力学シミュレーションの作成、何十億件ものツイートのリアルタイム分析の実行による単語の使用と確認された COVID-19 症例との相関関係の発見、大学キャンパスでのウイルスの伝染を阻止するための社会的距離を確保する行動と PPE の使用との間の相互作用のモデル化、パンデミック ダイナミクスに関する接触構造、介入、行動間の相互作用の分析などです。これらのプロジェクトの結果は、公衆衛生政策に影響を与え、第二波の防止を支援するというより広い目標に貢献します」

- Kirk Dombrowski 教授、Vermont 大学研究所副所長

「AMD の演算能力は、VCU の研究者が AI と質量分析を組み合わせて COVID-19 を含む疾患の新しい治療法を模索する上で、非常に役立つでしょう」と、Virginia Commonwealth 大学薬学部長の Joseph T. DiPiro 氏は語ります。「VCU でのこの画期的な研究に対する AMD の寛大な支援に感謝します」

- Joseph T. DiPiro 氏、Virginia Commonwealth 大学薬学部長

「AMD によって提供された新しいサーバーは、Folding@home のプロジェクトをジャンプ スタートするために実行する初期のシミュレーションの時間短縮を促進してくれます。さらに重要なことは、Folding@home から入ってくるすべてのデータをタイムリーに処理する能力を劇的に高め、SARS-CoV-2 への理解を深め、COVID-19 と闘うチャンスを掴める、ということです」

- Greg Bowman 准教授、Washington 大学医学部生化学および分子生物物理学担当および Folding@home ディレクター